Struktur organisasi Bakorwil II Bojonegoro dirancang untuk memastikan pelaksanaan fungsi koordinasi pemerintahan dan pembangunan di wilayah kerja dapat berjalan secara efektif, transparan, dan terukur. Mengacu pada Peraturan Gubernur Jawa Timur Nomor 71 Tahun 2023, Bakorwil II Bojonegoro memegang mandat penting untuk membantu Gubernur melakukan pembinaan, pengawasan, supervisi, monitoring, dan evaluasi penyelenggaraan pemerintahan, pembangunan, serta tugas pembantuan. Melalui struktur yang sistematis, setiap unit organisasi berperan dalam mengoordinasikan kebijakan, menyelaraskan perencanaan pembangunan antar daerah, serta memfasilitasi pengembangan potensi wilayah.

Bakorwil II Bojonegoro memiliki empat bidang utama yang menangani sektor berbeda, serta wilayah kerja yang meliputi delapan kabupaten/kota. Dengan struktur ini, koordinasi lintas daerah dapat berjalan lebih optimal, mendorong sinergi pembangunan, dan memastikan pelayanan pemerintahan semakin dekat dengan masyarakat.

Bidang di Bakorwil II Bojonegoro

Bidang Pemerintahan	membidangi urusan koordinasi pemerintahan, politik, hukum, dan keamanan.
Bidang Pembangunan Ekonomi	fokus pada fasilitasi pengembangan ekonomi daerah dan potensi unggulan.
Bidang Sarana dan Prasarana	mendukung pembangunan infrastruktur dan tata ruang wilayah
Bidang Kemasyarakatan	mengoordinasikan urusan sosial, budaya, serta pemberdayaan masyarakat.

Wilayah Kerja Bakorwil II Bojonegoro

1. Kabupaten Bojonegoro
2. Kabupaten Tuban
3. Kabupaten Lamongan
4. Kabupaten Gresik
5. Kabupaten Jombang
6. Kabupaten Nganjuk